O nouă armă pentru diagnosticarea tuberculozei și detectarea rezistenței la medicamente: o nouă generație de secvențiere direcționată (tNGS) combinată cu învățarea automată pentru diagnosticarea hipersensibilității la tuberculoză
Raport de literatură: CCa: un model de diagnostic bazat pe tNGS și învățarea automată, care este potrivit pentru persoanele cu tuberculoză bacteriană și meningită tuberculoasă mai puține.
Titlul tezei: Secvențierea de generație următoare și învățarea automată orientată către tuberculoși: o strategie de diagnostic ultra-sensibilă pentru tubulare pulmonară paucifică și meningită tubulară.
Periodic: 《Clinica Chimica Acta》
DACĂ: 6.5
Data publicării: ianuarie 2024
În combinație cu Universitatea Chineză de Științe și Spitalul Beijing Chest din Capital Medical University, Macro & Micro-Test a stabilit un model de diagnosticare a tuberculozei bazat pe noua generație de tehnologie de secvențiere țintită (tNGS) și metoda de învățare automată, care a oferit un nivel ultra-înalt. sensibilitatea de detecție pentru tuberculoza cu puține bacterii și meningita tuberculoasă, a oferit o nouă metodă de diagnosticare a hipersensibilității pentru diagnosticul clinic a două tipuri de tuberculoză și a ajutat la diagnosticarea precisă, detectarea rezistenței la medicamente și tratamentul tuberculozei.În același timp, se constată că cfDNA-ul plasmatic al pacientului poate fi utilizat ca tip de probă potrivit pentru prelevarea clinică în diagnosticul TBM.
În acest studiu, 227 de probe de plasmă și de lichid cefalorahidian au fost utilizate pentru a stabili două cohorte clinice, în care probele de cohortă de diagnostic de laborator au fost folosite pentru a stabili modelul de învățare automată a diagnosticului tuberculozei, iar probele de cohortă de diagnostic clinic au fost utilizate pentru a verifica model de diagnostic.Toate probele au fost mai întâi vizate de un grup de sonde de captare țintite special conceput pentru Mycobacterium tuberculosis.Apoi, pe baza datelor de secvențiere TB-tNGS, modelul arborelui de decizie este utilizat pentru a efectua o validare încrucișată de 5 ori pe seturile de instruire și validare ale cozii de diagnosticare de laborator și sunt obținute pragurile de diagnosticare ale probelor de plasmă și ale probelor de lichid cefalorahidian.Pragul obținut este adus în două seturi de teste de coadă de diagnosticare clinică pentru detectare, iar performanța de diagnosticare a cursantului este evaluată prin curba ROC.În final, a fost obținut modelul de diagnostic al tuberculozei.
Fig. 1 schema schematică a proiectării cercetării
Rezultate: Conform pragurilor specifice ale probei de ADN LCR (AUC = 0,974) și ale probei de ADN cfD plasmatic (AUC = 0,908) determinate în acest studiu, dintre 227 de probe, sensibilitatea probei de LCR a fost de 97,01%, specificitatea a fost de 95,65% și sensibilitatea și specificitatea probei de plasmă au fost de 82,61% și 86,36%.În analiza a 44 de probe perechi de cfADN plasmatic și ADN de lichid cefalorahidian de la pacienții cu TBM, strategia de diagnostic a acestui studiu are o consistență ridicată de 90,91% (40/44) în cfADN plasmatic și ADN-ul lichidului cefalorahidian, iar sensibilitatea este de 95,45% (42/44).La copiii cu tuberculoză pulmonară, strategia de diagnosticare a acestui studiu este mai sensibilă la probele de plasmă decât rezultatele de detecție Xpert a probelor de suc gastric de la aceiași pacienți (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Performanța analizei modelului de diagnostic al tuberculozei pentru probe de populație
