O nouă armă pentru diagnosticarea tuberculozei și detectarea rezistenței la medicamente: o secvențiere țintită de nouă generație (tNGS) combinată cu învățarea automată pentru diagnosticarea hipersensibilității la tuberculoză
Raport de literatură: CCa: un model de diagnostic bazat pe tNGS și învățare automată, potrivit pentru persoanele cu tuberculoză bacteriană mai puțin frecventă și meningită tuberculoasă.
Titlul tezei: Secvențiere de generație următoare țintită asupra tuberculozei și învățare automată: o strategie de diagnostic ultra-sensibilă pentru tubularii pulmonari paucifici și meningita tubulară.
Periodic: 《Clinica Chimica Acta》
DACĂ: 6,5
Data publicării: ianuarie 2024
În colaborare cu Universitatea Academiei Chineze de Științe și Spitalul Toracic din Beijing al Universității Medicale Capital, Macro & Micro-Test a stabilit un model de diagnostic al tuberculozei bazat pe tehnologia de secvențiere țintită de nouă generație (tNGS) și metoda de învățare automată, care a oferit o sensibilitate de detectare ultra-ridicată pentru tuberculoza cu puține bacterii și meningita tuberculoasă, a furnizat o nouă metodă de diagnosticare a hipersensibilității pentru diagnosticul clinic a două tipuri de tuberculoză și a ajutat la diagnosticul precis, detectarea rezistenței la medicamente și tratamentul tuberculozei. În același timp, s-a constatat că ADN-ul plasmatic cfD al pacientului poate fi utilizat ca un tip de probă adecvat pentru prelevarea de probe clinice în diagnosticarea TBM.
În acest studiu, 227 de probe de plasmă și lichid cefalorahidian au fost utilizate pentru a stabili două cohorte clinice, în care probele de cohortă de diagnostic de laborator au fost utilizate pentru a stabili modelul de învățare automată pentru diagnosticul tuberculozei, iar probele de cohortă de diagnostic clinic au fost utilizate pentru a verifica modelul de diagnostic stabilit. Toate probele au fost mai întâi direcționate de un grup de sonde de captură special concepute pentru Mycobacterium tuberculosis. Apoi, pe baza datelor de secvențiere TB-tNGS, modelul arborelui decizional este utilizat pentru a efectua o validare încrucișată de 5 ori pe seturile de antrenament și validare ale cozii de diagnostic de laborator, și se obțin pragurile de diagnostic ale probelor de plasmă și ale probelor de lichid cefalorahidian. Pragul obținut este introdus în două seturi de teste ale cozii de diagnostic clinic pentru detectare, iar performanța diagnostică a elevului este evaluată prin curba ROC. În final, a fost obținut modelul de diagnostic al tuberculozei.
Fig. 1 diagrama schematică a designului cercetării
Rezultate: Conform pragurilor specifice ale probei de ADN din LCR (ASC = 0,974) și ale probei de ADN cf din plasmă (ASC = 0,908) determinate în acest studiu, dintre cele 227 de probe, sensibilitatea probei de LCR a fost de 97,01%, specificitatea a fost de 95,65%, iar sensibilitatea și specificitatea probei de plasmă au fost de 82,61% și, respectiv, 86,36%. În analiza a 44 de probe pereche de ADN cf din plasmă și ADN din lichidul cefalorahidian de la pacienți cu tuberculoză pulmonară (TBM), strategia de diagnostic a acestui studiu are o consistență ridicată de 90,91% (40/44) în ceea ce privește ADN cf din plasmă și ADN din lichidul cefalorahidian, iar sensibilitatea este de 95,45% (42/44). La copiii cu tuberculoză pulmonară, strategia de diagnostic a acestui studiu este mai sensibilă la probele de plasmă decât rezultatele detectării Xpert a probelor de suc gastric de la aceiași pacienți (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Performanța analizei modelului de diagnostic al tuberculozei pentru eșantioane populaționale
