Un studiu metagenomic recent a relevat un spectru remarcabil de divers de virusuri și bacterii transmise de rozătoare în provincia Heilongjiang, inclusiv virusul Lassa, virusul Amur, Salmonella și Yersinia pestis.
Cercetarea a utilizatKit de îmbogățire a ARN-ului patogen de la Macro & Micro-Test, bazată pe tehnologia de captare a sondelor. Prin epuizarea selectivă a ARN-ului gazdă și a altor fragmente conservate ale gazdei, metoda a reținut eficient ARN-ul microbian, îmbunătățind semnificativ sensibilitatea detectării agenților patogeni. Această etapă de îmbogățire a ARN-ului agentului patogen a fost esențială pentru atingerea unei rate ridicate de detectare și a oferit un suport tehnic solid pentru supravegherea agenților patogeni.
Rozătoarele: Rezervoare cheie de boli zoonotice
Rozătoarele sunt grupul de mamifere cel mai bogat în specii și cel mai răspândit, cuprinzând peste 2.000 de specii la nivel mondial și reprezentând peste 40% din toate speciile de mamifere.
Dincolo de importanța lor ecologică, rozătoarele servesc ca rezervoare și vectori majori ai numeroși agenți patogeni zoonotici.Deoarece habitatele rozătoarelor se suprapun frecvent cu mediile umane - prin mușcături directe, contact cu excrementele sau transmitere indirectă prin purici și acarieni - agenții patogeni pe care îi adăpostesc reprezintă amenințări persistente la adresa sănătății publice.
În special, peste 70% din bolile infecțioase emergente provin de la fauna sălbatică, rozătoarele reprezentând unul dintre cele mai importante rezervoare virale.
Regiunea de frontieră Heilongjiang: o linie de frontieră pentru supravegherea agenților patogeni
Heilongjiang, o provincie de graniță din nord-estul Chinei, posedă resurse ecologice abundente și are granițe comune cu mai multe țări. Combinația dintre biodiversitatea bogată și mișcarea frecventă a populației transfrontaliere creează condiții favorabile pentru transmiterea agenților patogeni.
Între iunie și iulie 2021, cercetătorii au colectat 67 de rozătoare sălbatice din orașul Hengdaohezi, orașul Mudanjiang. Probele au inclus:
l 20Apodemus peninsulae
l. 47Myodes rufocanus
Toate exemplarele au fost capturate în zone rezidențiale și pe terenurile agricole înconjurătoare, evidențiind interfața strânsă dintre așezările umane și habitatele faunei sălbatice.
Tehnologie de îmbogățire a agenților patogeni: Depășirea interferențelor de fond ale gazdei
În secvențierea metagenomică, ARN-ul gazdă domină de obicei citirile de secvențiere, mascând semnalele patogene cu abundență scăzută.
Pentru a aborda această provocare, studiul a folositKitul de detectare metagenomică a agenților patogeni de la Macro & Micro-Test. Folosind tehnologia de captare a sondelor, sondele special concepute se leagă de ARNr gazdă și de secvențele conservate, permițând epuizarea acestora și îmbogățind astfel ARN-ul microbian.
Această abordare a îmbunătățit substanțial sensibilitatea detectării agenților patogeni, permițând secvențierii ulterioare să recupereze o proporție mai mare de citiri ale agenților patogeni. Etapa de îmbogățire a pus o bază solidă pentru caracterizarea precisă a spectrului de agenți patogeni purtați de rozătoare.
După îmbogățire, probele de ARN au fost supuse transcripției inverse, construirii bibliotecii și secvențierii de mare randament. Analiza bioinformatică a inclus:
l Filtrarea genomului gazdă
Clasificare taxonomică folosind Kraken2
Corecția abundenței cu Bracken
Acest flux de lucru a generat un profil cuprinzător al comunităților virale și bacteriene.
Rezultatele cercetării: Co-circulația mai multor virusuri și bacterii
Descoperiri virale
Virusurile detectate aparțineau la 21 de familii virale, inclusivArenaviridaeşiHantaviridae.
Prinde nouPrin asamblare folosind Megahit, au fost generați 154 de contig-uri virale, dintre care 110 s-au aliniat cu 19 virusuri din opt familii.
In Apodemus peninsulae, au fost identificate următoarele virusuri:
l Arenavirusuri: virusul Lassa, virusul Wenzhou, virusul Gairo
l Hantavirusuri: virusul Amur, virusul Puumala
In Myodes rufocanusAu fost detectate arterivirusul de șobolan și virusul Amur.
Printre acești agenți patogeni:
Virusul Lassa este agentul cauzator al febrei hemoragice virale, cu rate de mortalitate care ajung la aproximativ 20%.
Virusul Amur este unul dintre agenții patogeni responsabili de febra hemoragică cu sindrom renal (HFRS). China raportează cea mai mare povară globală de infecții cu hantavirus.
Constatări bacteriene
Un total de 1.051 de genuri bacteriene au fost adnotate.
Cele mai abundente genuri au fost:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonellaeste un agent patogen major transmis prin alimente, responsabil pentru aproximativ 9 milioane de cazuri de febră tifoidă și aproximativ 110.000 de decese anual la nivel mondial.
Yersinia pestis, agentul cauzator al ciumei, a fost responsabil pentru trei pandemii istorice. Provincia Heilongjiang este recunoscută ca unul dintre focarele naturale de ciumă din China și rămâne o regiune prioritară pentru supravegherea ciumei.
Semnificația studiului
Contribuții științifice
Acest studiu reprezintă primul raport privind fragmentele virusului Lassa și virusul arteritei de șobolan la rozătoarele din Heilongjiang, extinzând baza de date a agenților patogeni transmiși de rozătoare din China.
Caracterizează sistematic comunitățile virale și bacteriene din populațiile locale de rozătoare, oferind date de bază pentru supravegherea bolilor zoonotice în regiunile de frontieră.
Implicații pentru sănătatea publică
Constatările subliniază necesitatea supravegherii continue și a screening-ului agenților patogeni.A. peninsulăşiM. rufocanus.
Datele oferă dovezi științifice care susțin strategiile de control al sursei pentru boli precum ciuma și febra hemoragică cu sindrom renal.
Puncte forte metodologice
Secvențierea metagenomică permite detectarea imparțială atât a agenților patogeni cunoscuți, cât și a celor noi.
În acest studiu, tehnologia de îmbogățire a agenților patogeni a Macro & Micro-Test a demonstrat performanțe puternice, îmbunătățind eficient detectarea agenților patogeni țintă în probe biologice complexe. Rezultatele confirmă capacitatea sa de a sprijini identificarea agenților patogeni de înaltă sensibilitate în supravegherea faunei sălbatice.
Recomandare de produs
Pe baza aplicării sale cu succes în acest studiu, kitul de îmbogățire a ARN-ului patogen macro și micro-test este foarte recomandat pentru cercetarea supravegherii metagenomice.
Prin epuizarea eficientă a acizilor nucleici ai gazdei și îmbogățirea secvențelor microbiene, kitul îmbunătățește semnificativ sensibilitatea detecției și calitatea datelor. Reprezintă un instrument esențial pentru descoperirea precisă a agenților patogeni în probe complexe și oferă un suport tehnic robust pentru supravegherea sănătății publice, evaluarea riscurilor zoonotice și pregătirea pentru focare.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Data publicării: 02 martie 2026